Le chakra est la source d'energie qui permet aux ninja d'effectuer des techniques spéciales, appelées jutsus. Généré dans le corps, il est le résultat de la combinaison de l'énergie physique et de l'énergie spirituelle du ninja. Le chakra circule dans le corps dans un reseau de Chakra, comparable a des vaisseaux sanguins, mais ayant un débit limité par huit portes (ouvrables grace a la forme verso du lotus de Konoha par exemple) et passant par 361 tenketsus, points permettant par une préssion, soit d'augmenter, soit de diminuer (voire de stopper) les flux de chakra. Ainsi les techniques des 64 coups divins du clan Hyuuga peuvent, grace au Byakugan, stopper les flux de chakra de l'adversaire.