Il est connu depuis le chapitre 254 (tome 29), où il attendait Deidara et Sasori, mais on ne le voit pour la première fois que dans le tome 40, sous l'apparence d'un jeune homme aux cheveux roux. Ce corps est le corps principal dont il se sert pour ses relations avec l'Akatsuki, mais cinq autres corps sont en « sommeil » et peuvent être utilisés pour le combat. Les six corps gardent en commun des sortes de piercings noirs sur le visage et le reste du corps (ces piercings étant des récepteurs de Chakra servant à la manipulation du corps), et des yeux particuliers avec une pupille et quatre cercles concentriques, le Rinnegan ; ils partagent la même vision, couvrant mutuellement lors des combats leurs angles morts.
Les six corps composant Pain sont contrôlés à distance par Nagato[2] ; c'est un homme aux longs cheveux rouges (comme lorsqu'il était enfant) encadrant un visage pointu. Il est connecté, par des câbles fixés sur deux coques dans lesquelles sont logés ses bras, à une grosse machine de forme arachnéenne, son seul moyen de se déplacer. Il est en effet complètement décharné, et n'a, littéralement, que la peau sur les os. Dans son dos est également fichée une batterie de tubules noirs (dont un énorme lui transperçant le dos au niveau de la colonne vertébrale) lui servant d'antennes pour transmettre son Chakra à ses corps.[3]
Le corps Jigokudô (« Royaume de l'horreur ») est capable d'invoquer un monstre avec des flammes noires, sortant du sol. Ce monstre possède aussi le Rinnegan, et de sa bouche peuvent sortir des bras visqueux qui prennent la vie de ses victimes lors d'une sorte de « jugement de Dieu » (l'âme de ceux qui mentent est aspirée dans la bouche du monstre). Ce monstre est également capable de ressusciter les corps de Pain. Ce monstre est visible lorsqu'il remet en état les corps ou quand l'ennemi est attrapé par Jigokudô, sinon, il est invisible aux yeux des autres ninjas.